Non dovreste avere grossi problemi... seguite le istruzioni indicate nel file INSTALL e tutto vi andrà bene, a meno che non abbiate abilitato qualche patch troppo sperimentale... comunque, se siete abbastanza pigri da non voler leggere un file in inglese, vi dovrebbe bastare qualcosa come (dalla directory di iptables):
# make install KERNEL_DIR=path_assoluto/delvostrokernel/